Как правило, работа над новым эпизодом в самой предварительной стадии может начаться за 2-3 недели до выпуска эпизода, однако часто выходит так, что идея приходит в самый последний момент. Для сравнения, один эпизод «Симпсонов» создаётся в среднем за шесть месяцев, в то время как создание серии «Южного парка» обычно занимает шесть дней, а некоторые серии, например, «ШИКАРН-О» и «Рождество у лесных тварей», были сделаны всего за три-четыре дня. Часто возникающая ситуация с долгой нехваткой идей спародирована самими создателями в серии «В погоне за рейтингами», значительную часть которого занимают размышления мальчиков над темой для своего телешоу. В результате сериал быстро реагирует на новости: например, в эпизоде «Школьный портфель» был спародирован произошедший накануне перед премьерой скандал на президентских выборах, а в серии «Рождество в Канаде» был спародирован арест Саддама Хуссейна, произошедший 13 декабря (эпизод вышел 17-го). Единственным исключением являются серии с нестандартной анимацией — так, работа над эпизодом «Славные времена с оружием», в котором были использованы элементы анимэ, заняла около трёх недель.

Работа над серией обычно начинается с того, что создатели и авторы шоу пишут собственно сценарий серии; над этим работают Паркер, Стоун и специальная группа сценаристов, хотя окончательный скрипт, как правило, пишет Трей Паркер. Сценарий нередко рождается в последний момент и не из темы, которой он будет посвящён, а просто из какой-то смешной ситуации (например, из идеи о том, что мальчики могут перепутать китайскую мафию и агентством талантов, родилась серия «Винг»). Затем начинается пре-продакшн, то есть уточнение сценария со всеми участниками процесса и разработка новых персонажей и ландшафтов. Затем начинается долгая прорисовка предварительных рисованных набросков к эпизоду; параллельно с этим идёт прорисовка персонажей, для которой используется программа Corel Draw (а также изредка Adobe Illustrator); сами участники процесса называют эти прорисовки «корелами» (англ. corels), и они должны быть утверждены Треем Паркером. После окончания создания заготовок они попадают к ассистенту редактора, который сканирует рисованные наброски; в компьютерном виде ими занимается главный редактор. Редакторы выверяют каждый кадр и приводят их в соответствии с течением времени в серии.

На этом этапе начинается анимация. Аниматоры обрабатывают уже осмотренные редактором заготовки, синхронизируют их с записанной речью персонажей и дают обработанную версию, записанную на VHS. Режиссёр-аниматор обрабатывает полученный материал, проводя ещё одну коррекцию и делая существенные пометки для аниматоров. Каждый кадр заносится в базу и проходят ещё одну редакцию со стороны технических редакторов, после чего над сценами мультфильма начинают работу аниматоры. Анимация начиная с пятого сезона выполняется в Maya, а в ранних эпизодах использовался Power Animator.

После окончательной обработки и редакции проходит проверочная сессия, на которой Стоун, Паркер и Стоф просматривают каждый кадр, делая пометки и проверяя, не надо ли что-то изменить. Режиссёр вносит последние изменения в серию. Заключительным этапом становится привод эпизода в соответствие с записанными речью и музыкой; Паркер и Стоун вместе с работниками аудио-департамента приводят в порядок финальный микс эпизода. Весь процесс после написания сценария занимает обычно около четырёх дней.